Ngày 6 tháng 11 năm 2005, Choi Siwon đã ra mắt cùng với 11 thành viên khác trong Super Junior 05 trên sân khấu Inkigayo (인기가요) của đài SBS với phần biểu diễn đĩa đơn đầu tiên "TWINS (Knock Out)".

Nhóm đã phát hành album đầy đủ "SuperJunior05 (Twins)" một tháng sau đó, và album ra mắt này đã xếp vị trí #3 trên bảng xếp hạng album hàng tháng MIAK K-pop.[8]

Sau đó nhóm đã bỏ từ cuối "05" và chính thức trở thành Super Junior. Nhóm mới đã đạt được thành công vang dội sau khi ra mắt đĩa đơn đầu tiên "U" vào mùa hè năm 2006, bản thu đạt #1 đầu tiên của họ.

Siwon vẫn tiếp tục tham gia vào tất cả các album sau đó của Super Junior, bao gồm đĩa đơn "U", các album phòng thu vol2 "Don't Don" (2007), vol3 "Sorry, Sorry" (2009), vol4 "Bonamana" (2010), vol5 "Mr. Simple" (2011), vol6 " Sexy,free & single" (2013)

Tháng 4, 2008, anh đã được chọn để đặt vào nhóm nhỏ thứ ba của Super Junior là Super Junior-M, nhóm nhỏ chuyên hát Tiếng Quan Thoại và tập trung hoạt động tại thị trường Trung Quốc. Đây cũng là nhóm nhỏ thành công nhất của Super Junior. Họ đã phát hành 1 album phòng thu, "Me", 2 EP là Super Girl và Perfection, và đều có sự tham gia của Siwon.

Siwon cũng là người mẫu và đã từng tham gia nhiều cuộc trình diễn thời gian, trong đó có tham gia vào một số bộ sưu tập của Nhà thiết kế thời trang nổi tiếng Hàn Quốc, André Kim (người đã qua đời tháng 8 năm 2010 do bị bệnh). Anh cũng tham gia chụp hình cho rất nhiều các báo, tạp chí nổi tiếng trong nước và quốc tế.

Để đảm nhận tốt vai diễn trong phim "The Battle of Wits" (Binh pháp mặc công), công ty quản lý đã sắp xếp cho Siwon tới Bắc Kinh, Trung Quốc với thực tập sinh Hyoyeon của SNSD vào năm 2004 để tìm hiểu về ngôn ngữ và lịch sử Trung Quốc. Siwon được học Tiếng phổ thông tại đó ba tháng trước khi trở về Hàn Quốc chuẩn bị cho việc ra mắt của Super Junior vào năm sau.

Anh có một tài khoản Twitter là siwon407. Hiện nay, anh là người có số followers (người theo dõi) trên twitter nhiều nhất Hàn Quốc (hơn 4 triệu followers). Trước đó anh cũng là nghệ sĩ Hàn Quốc đầu tiên có số followers trên twitter vượt ngưỡng 1 triệu người.[9] Do khả năng ngoại ngữ tốt, trong đó có sử dụng tiếng Trung và tiếng Anh khá thành thạo, và có thể nói được một chút tiếng Nhật nên Siwon có quen biết khá rộng với nhiều người nổi tiếng trên thế giới.

Ngày 2/10/2019, Choi Siwon và các nghệ sĩ nổi tiếng sẽ cùng với trẻ em ở Đà Nẵng (Việt Nam) tham gia thảo luận các vấn đề liên quan đến bạo lực trẻ em, bao gồm cả nạn bắt nạt trẻ em. Các nghệ sỹ cũng sẽ tham dự buổi biểu biểu diễn của trẻ em mang tên Âm nhạc cho mọi trẻ em với mục tiêu nâng cao vai trò tích cực của giáo dục âm nhạc tại trường học. Đây là một trong những hoạt động nằm trong chiến dịch của UNICEF về chấm dứt bắt nạt (#StopBullying). YAN Digital hân hạnh là đối tác truyền thông chính thức để lan truyền thông tin chi tiết chương trình đầy ý nghĩa này đến mọi công dân Việt Nam[10].

Ngày 12/11/2019, Choi Siwon đã được bổ nhiệm làm Đại sứ Khu vực Hàn Quốc đầu tiên của UNICEF Đông Á Thái Bình Dương tại Diễn đàn Thế hệ người Lào 2030 ở Viêng Chăn, sự kiện đánh dấu năm thứ 30 của Công ước về Quyền trẻ em!